Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Metagenomic Analysis of the Indian Ocean Picocyanobacterial Community: Structure, Potential Function and Evolution.
Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik. BILS.
Visa övriga samt affilieringar
2016 (Engelska)Ingår i: PLOS ONE, E-ISSN 1932-6203, Vol. 11, nr 5Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Unicellular cyanobacteria are ubiquitous photoautotrophic microbes that contribute substantially to global primary production. Picocyanobacteria such as Synechococcus and Prochlorococcus depend on chlorophyll a-binding protein complexes to capture light energy. In addition, Synechococcus has accessory pigments organized into phycobilisomes, and Prochlorococcus contains chlorophyll b. Across a surface water transect spanning the sparsely studied tropical Indian Ocean, we examined Synechococcus and Prochlorococcus occurrence, taxonomy and habitat preference in an evolutionary context. Shotgun sequencing of size fractionated microbial communities from 0.1 μm to 20 μm and subsequent phylogenetic analysis indicated that cyanobacteria account for up to 15% of annotated reads, with the genera Prochlorococcus and Synechococcus comprising 90% of the cyanobacterial reads, even in the largest size fraction (3.0-20 mm). Phylogenetic analyses of cyanobacterial light-harvesting genes (chl-binding pcb/isiA, allophycocyanin (apcAB), phycocyanin (cpcAB) and phycoerythin (cpeAB)) mostly identified picocyanobacteria clades comprised of overlapping sequences obtained from Indian Ocean, Atlantic and/or Pacific Oceans samples. Habitat reconstructions coupled with phylogenetic analysis of the Indian Ocean samples suggested that large Synechococcus-like ancestors in coastal waters expanded their ecological niche towards open oligotrophic waters in the Indian Ocean through lineage diversification and associated streamlining of genomes (e.g. loss of phycobilisomes and acquisition of Chl b); resulting in contemporary small celled Prochlorococcus. Comparative metagenomic analysis with picocyanobacteria populations in other oceans suggests that this evolutionary scenario may be globally important.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2016. Vol. 11, nr 5
Nationell ämneskategori
Annan biologi
Forskningsämne
Livets mångfald
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:nrm:diva-1996DOI: 10.1371/journal.pone.0155757PubMedID: 27196065OAI: oai:DiVA.org:nrm-1996DiVA, id: diva2:1052183
Forskningsfinansiär
Stiftelsen Olle Engkvist ByggmästareStiftelsen för internationalisering av högre utbildning och forskning (STINT)Tillgänglig från: 2016-12-05 Skapad: 2016-12-05 Senast uppdaterad: 2021-06-14Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(2351 kB)142 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 2351 kBChecksumma SHA-512
856b5a8d021fe2f68784a8f4e15006a3e7aa17ef622753adea0d14d54416b2cde065af1ec8d37591df475c206b2d1e64409fbe049e3a1487af0c8eaebcd62aab
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Nylander, Johan A A
Av organisationen
Enheten för bioinformatik och genetik
I samma tidskrift
PLOS ONE
Annan biologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 142 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 125 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf