Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
1 - 9 av 9
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Dussex, Nicolas
    et al.
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    van der Valk, Tom
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Morales, Hernán E.
    Wheat, Christopher W.
    Díez-del-Molino, David
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    von Seth, Johanna
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Foster, Yasmin
    Kutschera, Verena E.
    Guschanski, Katerina
    Rhie, Arang
    Phillippy, Adam M.
    Korlach, Jonas
    Howe, Kerstin
    Chow, William
    Pelan, Sarah
    Mendes Damas, Joanna D.
    Lewin, Harris A.
    Hastie, Alex R.
    Formenti, Giulio
    Fedrigo, Olivier
    Guhlin, Joseph
    Harrop, Thomas W.R.
    Le Lec, Marissa F.
    Dearden, Peter K.
    Haggerty, Leanne
    Martin, Fergal J.
    Kodali, Vamsi
    Thibaud-Nissen, Françoise
    Iorns, David
    Knapp, Michael
    Gemmell, Neil J.
    Robertson, Fiona
    Moorhouse, Ron
    Digby, Andrew
    Eason, Daryl
    Vercoe, Deidre
    Howard, Jason
    Jarvis, Erich D.
    Robertson, Bruce C.
    Dalén, Love
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Population genomics of the critically endangered kākāpō2021Ingår i: Cell Genomics, ISSN 2666-979X, Vol. 1, nr 1Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Summary The kākāpō is a flightless parrot endemic to New Zealand. Once common in the archipelago, only 201 individuals remain today, most of them descending from an isolated island population. We report the first genome-wide analyses of the species, including a high-quality genome assembly for kākāpō, one of the first chromosome-level reference genomes sequenced by the Vertebrate Genomes Project (VGP). We also sequenced and analyzed 35 modern genomes from the sole surviving island population and 14 genomes from the extinct mainland population. While theory suggests that such a small population is likely to have accumulated deleterious mutations through genetic drift, our analyses on the impact of the long-term small population size in kākāpō indicate that present-day island kākāpō have a reduced number of harmful mutations compared to mainland individuals. We hypothesize that this reduced mutational load is due to the island population having been subjected to a combination of genetic drift and purging of deleterious mutations, through increased inbreeding and purifying selection, since its isolation from the mainland ∼10,000 years ago. Our results provide evidence that small populations can survive even when isolated for hundreds of generations. This work provides key insights into kākāpō breeding and recovery and more generally into the application of genetic tools in conservation efforts for endangered species.

    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
  • 2.
    Dussex, Nicolas
    et al.
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    von Seth, Johanna
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Knapp, Michael
    Kardailsky, Olga
    Robertson, Bruce C.
    Dalen, Love
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Complete genomes of two extinct New Zealand passerines show responses to climate fluctuations but no evidence for genomic erosion prior to extinction2019Ingår i: Biology Letters, ISSN 1744-9561, E-ISSN 1744-957X, Vol. 15, nr 9, artikel-id 20190491Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Human intervention, pre-human climate change (or a combination of both), as well as genetic effects, contribute to species extinctions. While many species from oceanic islands have gone extinct due to direct human impacts, the effects of pre-human climate change and human settlement on the genomic diversity of insular species and the role that loss of genomic diversity played in their extinctions remains largely unexplored. To address this question, we sequenced whole genomes of two extinct New Zealand passerines, the huia (Heteralocha acutirostris) and South Island kokako (Callaeas cinereus). Both species showed similar demographic trajectories throughout the Pleistocene. However, the South Island kokako continued to decline after the last glaciation, while the huia experienced some recovery. Moreover, there was no indication of inbreeding resulting from recent mating among closely related individuals in either species. This latter result indicates that population fragmentation associated with forest clearing by Maori may not have been strong enough to lead to an increase in inbreeding and exposure to genomic erosion. While genomic erosion may not have directly contributed to their extinctions, further habitat fragmentation and the introduction of mammalian predators by Europeans may have been an important driver of extinction in huia and South Island kokako.

    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
  • 3. Hasselgren, M
    et al.
    Dussex, N
    von Seth, J
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Angerbjorn, A
    Olsen, R A
    Dalen, L
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Noren, K
    Genomic and fitness consequences of inbreeding in an endangered carnivore2021Ingår i: Molecular Ecology, ISSN 0962-1083, E-ISSN 1365-294X, Vol. 30, nr 12, s. 2790-2799Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
  • 4. Liu, S L
    et al.
    Westbury, M V
    Dussex, N
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Mitchell, K J
    Sinding, M H S
    Heintzman, P D
    Duchene, D A
    Kapp, J D
    von Seth, J
    Naturhistoriska riksmuseet.
    Heiniger, H
    Sanchez-Barreiro, F
    Margaryan, A
    Andre-Olsen, R
    De Cahsan, B
    Meng, G L
    Yang, C T
    Chen, L
    van der Valk, T
    Moodley, Y
    Rookmaaker, K
    Bruford, M W
    Ryder, O
    Steiner, C
    Bruins-van Sonsbeek, L G R
    Vartanyan, S
    Guo, C X
    Cooper, A
    Kosintsev, P
    Kirillova, I
    Lister, A M
    Marques-Bonet, T
    Gopalakrishnan, S
    Dunn, R R
    Lorenzen, E D
    Shapiro, B
    Zhang, G J
    Antoine, P O
    Dalen, L
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Gilbert, M T P
    Ancient and modem genomes unravel the evolutionary history of the rhinoceros family2021Ingår i: Cell, ISSN 0092-8674, E-ISSN 1097-4172, Vol. 184, nr 19, s. 4874-+Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
  • 5. Paijmans, J L A
    et al.
    Barlow, A
    Becker, M S
    Cahill, J A
    Fickel, J
    Forster, D W G
    Gries, K
    Hartmann, S
    Havmoller, R W
    Henneberger, K
    Kern, C
    Kitchener, A C
    Lorenzen, E D
    Mayer, F
    OBrien, S J
    von Seth, J
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Sinding, M H S
    Spong, G
    Uphyrkina, O
    Wachter, B
    Westbury, M V
    Dalen, L
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Bhak, J
    Manica, A
    Hofreiter, M
    African and Asian leopards are highly differentiated at the genomic level2021Ingår i: Current Biology, ISSN 0960-9822, E-ISSN 1879-0445, Vol. 31, nr 9, s. 1872-+Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
  • 6. Palkopoulou, Eleftheria
    et al.
    Baca, Mateusz
    Abramson, Natalia I.
    Sablin, Mikhail
    Socha, Pawel
    Nadachowski, Adam
    Prost, Stefan
    Germonpre, Mietje
    Kosintsev, Pavel
    Smirnov, Nickolay G.
    Vartanyan, Sergey
    Ponomarev, Dmitry
    Nystroem, Johanna
    Nikolskiy, Pavel
    Jass, Christopher N.
    Litvinov, Yuriy N.
    Kalthoff, Daniela C.
    Grigoriev, Semyon
    Fadeeva, Tatyana
    Douka, Aikaterini
    Higham, Thomas F. G.
    Ersmark, Erik
    Pitulko, Vladimir
    Pavlova, Elena
    Stewart, John R.
    Weglenski, Piotr
    Stankovic, Anna
    Dalen, Love
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Synchronous genetic turnovers across Western Eurasia in Late Pleistocene collared lemmings2016Ingår i: Global Change Biology, ISSN 1354-1013, E-ISSN 1365-2486, Vol. 22, nr 5, s. 1710-1721Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Recent palaeogenetic studies indicate a highly dynamic history in collared lemmings (Dicrostonyx spp.), with several demographical changes linked to climatic fluctuations that took place during the last glaciation. At the western range margin of D.torquatus, these changes were characterized by a series of local extinctions and recolonizations. However, it is unclear whether this pattern represents a local phenomenon, possibly driven by ecological edge effects, or a global phenomenon that took place across large geographical scales. To address this, we explored the palaeogenetic history of the collared lemming using a next-generation sequencing approach for pooled mitochondrial DNA amplicons. Sequences were obtained from over 300 fossil remains sampled across Eurasia and two sites in North America. We identified five mitochondrial lineages of D.torquatus that succeeded each other through time across Europe and western Russia, indicating a history of repeated population extinctions and recolonizations, most likely from eastern Russia, during the last 50000years. The observation of repeated extinctions across such a vast geographical range indicates large-scale changes in the steppe-tundra environment in western Eurasia during the last glaciation. AllHolocene samples, from across the species' entire range, belonged to only one of the five mitochondrial lineages. Thus, extant D.torquatus populations only harbour a small fraction of the total genetic diversity that existed across different stages of the Late Pleistocene. In North American samples, haplotypes belonging to both D.groenlandicus and D.richardsoni were recovered from a Late Pleistocene site in south-western Canada. This suggests that D.groenlandicus had a more southern and D.richardsoni a more northern glacial distribution than previously thought. This study provides significant insights into the population dynamics of a small mammal at a large geographical scale and reveals a rather complex demographical history, which could have had bottom-up effects in the Late Pleistocene steppe-tundra ecosystem.

    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
  • 7.
    Pecnerova, Patricia
    et al.
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Diez-del-Molino, David
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Dussex, Nicolas
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Feuerborn, Tatiana
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    von Seth, Johanna
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    van der Plicht, Johannes
    Nikolskiy, Pavel
    Tikhonov, Alexei
    Vartanyan, Sergey
    Dalen, Love
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Genome-Based Sexing Provides Clues about Behavior and Social Structure in the Woolly Mammoth2017Ingår i: Current Biology, ISSN 0960-9822, E-ISSN 1879-0445, Vol. 27, nr 22, s. 3505-+Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
  • 8. Smith, Steve
    et al.
    Sandoval-Castellanos, Edson
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Lagerholm, Vendela K.
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Napierala, Hannes
    Sablin, Mikhail
    Von Seth, Johanna
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Fladerer, Florian A.
    Germonpre, Mietje
    Wojtal, Piotr
    Miller, Rebecca
    Stewart, John R.
    Dalen, Love
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Nonreceding hare lines: genetic continuity since the Late Pleistocene in European mountain hares (Lepus timidus)2017Ingår i: Biological Journal of the Linnean Society, ISSN 0024-4066, E-ISSN 1095-8312, Vol. 120, nr 4, s. 891-908Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
  • 9.
    von Seth, J
    et al.
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Dussex, N
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Diez-del-Molino, D
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    van der Valk, T
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Kutschera, V E
    Kierczak, M
    Steiner, C C
    Liu, S L
    Gilbert, M T P
    Sinding, M H S
    Prost, S
    Guschanski, K
    Nathan, S K S S
    Brace, S
    Chan, Y L
    Wheat, C W
    Skoglund, P
    Ryder, O A
    Goossens, B
    Gotherstrom, A
    Dalen, L
    Naturhistoriska riksmuseet, Enheten för bioinformatik och genetik.
    Genomic insights into the conservation status of the world's last remaining Sumatran rhinoceros populations2021Ingår i: Nature Communications, E-ISSN 2041-1723, Vol. 12, nr 1Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Ladda ner fulltext (pdf)
    fulltext
1 - 9 av 9
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf